Podczas trwania w Argentynie junty wojskowej generała Videli Redondo i podczas tzw. brudnej wojny 1976–1983 (hiszp. Guerra sucia) Bergoglio donosił wojskowym na lewicujących księży i zakonników, z których niektórzy potem znikali.
266. papieżem został wybrany kardynał z Argentyny Jorge Bergoglio. Obrał imię Franciszek. Studiował chemię, literaturę i psychologię. Jezuita wyświęcony w 1969 r., potem został prowincjałem zakonu w Argentynie. Biskup Buenos Aires od 1992 r. Przez dwie kadencje był też przewodniczącym Episkopatu Argentyny (2005-2011). W kwietniu 2005 r. adwokat występujący w imieniu ofiar argentyńskiej junty oskarżył kardynała o udział w porwaniu przez wojskowych dwóch jezuitów.
On April 15, 2005, a human rights lawyer filed a criminal complaint against Bergoglio, accusing him of conspiring with the junta in 1976 to kidnap two Jesuit priests, whom he, as superior of the Society of Jesus of Argentina in 1976, had asked to leave their pastoral work following conflict within the Society over how to respond to the new military dictatorship, with some priests advocating a violent overthrow.
Bergoglio's spokesman has flatly denied the allegations. No evidence was presented linking the cardinal to this crime.