Cyklon B jako środek do zabijania ludzi odkryto przypadkiem. Stosowano go do odwszawiania ubrań skonfiskowanych więźniom przywożonym do kacetów. Szybko okazało się, ze cyklon szybciej działał na ludzi niż na owady. Cztery kilogramy cyklonu było w stanie zabić ok. 1000 ludzi. 1 kg. cyklonu kosztował ok. 5 marek niemieckich. Po wojnie jeden z uczniów Habera Bruno Tesch, szef firmy sprzedającej go kacetom został skazany na śmierć. Udowodniono mu, że wiedział po co gaz sprzedawał obozom. Produkował specjalną bezwonną wersję cyklonu.
W czasie wojny nie tylko miliony Żydów, ale i wielu krewnych Habera trafiło do obozów zagłady i obozów koncentracyjnych i zostało zamordowanych za pomocą jego wynalazku.